نامش «محمد» (ع) بود. کُنیه‌اش «ابوجعفر» و لقبش «باقر». اهل مدینه بود و ساکن خانه‌ی وحی، و ستون خیمه‌گاه امام سجاد (ع).
در ۴ یا ۵ سالگی بود که فاجعه‌ی خونین کربلا اتفاق افتاد و حوادث آن را با چشم کنجکاو و بینا و تیزبین خود دید و در طی اسارت خویش به کوفه و شام و مدینه، شاهد و تماشاگر قهرمانی‌های عمه‌ی شیردل و بانوی قهرمان کربلا و سخنرانی‌ها و رهنمودهای پدر عالیقدرش امام سجاد (ع) بود و از همان روز، درس شهادت و شجاعت و آزادگی را در مکتب سازنده‌ی اهل‌بیت عصمت فراگرفت و دلش یادگاری شد از عاشقانه‌های کربلا.
پرچم علم و دانش را به دوش کشید با شهامت و شجاعت خاص، انقلاب عقیدتی و علمی را در جامعه‌ی اسلامی ایجاد کرد، و به حق و به‌جا، لقب «باقر» و شکافنده‌ی علوم را دریافت نمود. ستاره‌های سالخورده‌ی علم و دانش، در حضور پرفروغش رنگ باختند و خویش را در برابر او اندک دیدند.
جهان اسلام به یک رنسانس علمی و جهش فکری نیازمند بود که اساس اسلام را از تهدیدها و آفات و تبلیغات سوء و ناروا محفوظ دارد و چه کسی شایسته‌تر و برازنده‌تر از وارث حقیقی علوم پیامبر عالیقدر اسلام و تربیت‌یافته‌ی مکتب فکری قرآن و منطق اهل‌بیت عصمت و طهارت، می‌توانست این وظیفه‌ی خطیر را به انجام رساند.
زندگی پر از هیجان و انقلاب امام باقر (ع) مقارن شده بود با افول قدرت بنی‌امیّه و ضعف و ناتوانی این گروه ستمگر و یاغی. با اینکه سردمداران آن، در راه نگهداری حکومت پوسیده‌ی خود به تلاش افتاده و دست و پا می‌زدند و برای نیروهای فعال و سازنده، فشار و محدودیت‌های فراوانی ایجاد می‌کردند اما باز هم نتوانستند جلوی هجوم دانش‌پژوهان و دانشجویانی را که از سراسر کشور پهناور اسلامی عازم آستان‌بوسی آن مشعل‌دار علم و تقوی بودند را بگیرند، و در برابر درخشش باشکوه نور الهی حائلی ایجاد کنند.
دوران امامت امام باقر (ع) که حدود هجده سال ادامه داشت، هم‌زمان با حکومت ولید، سلیمان، عمربن‌عبدالعزیز و برادرش یزیدبن‌عبدالملک و هشام بوده و به جز عمربن‌عبدالعزیز که شخصی نسبتاً عدالت‌خواه بود، همگی در ستم و ستمگری و استبداد و خودکامگی از یکدیگر سبقت می‌گرفتند و نسبت به ایشان بسیار سختگیر بودند. ایشان با وجود مشکلات فراوان و سختگیری‌های خارج از حد دشمنان، از نشر علوم و معارف و تشریح حقایق اسلام باز نماندند و نتیجه‌ی تلاش‌ها و کوشش‌های ایشان، تربیت شاگردان فاضل و دانشمندی همچون: محمدبن‌مسلم، جابربن‌یزید‌جعفی، زراره‌بن‌أعین و برادرش حمران و ده‌ها دانشمند دیگر در مکتب تربیتی این امام همام بود که به ارشاد علمی و توجیه فکری امّت اسلامی برخاستند.
